“07年第四季度,我們實(shí)驗(yàn)室的整體工作效率提高了30%以上,物信息科研任務(wù)已取得階段性成果,感謝所有同事的辛勤工作,也感謝校方給予我們的鼎力支持?!痹谀戏结t(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院腫瘤研究所下屬的醫(yī)學(xué)信息檢測(cè)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室年底工作總結(jié)會(huì)議上,實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人慷慨陳詞,說出了每個(gè)科研人員的心聲。 

  南方醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)信息檢測(cè)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室長(zhǎng)期致力于生物信息技術(shù)的分析和科研工作,承擔(dān)過多項(xiàng)國(guó)家、學(xué)校的學(xué)術(shù)研究,曾經(jīng)成功發(fā)現(xiàn)SARS病毒致命的主要物質(zhì)成分,為治療SARS藥物的問世提供了可能。 

  在承擔(dān)大量的信息數(shù)據(jù)處理工作的過程中,院系師生發(fā)現(xiàn),整個(gè)IT系統(tǒng)的運(yùn)算性能、網(wǎng)絡(luò)速度、流量等壓力陡增,工作效率明顯降低?,F(xiàn)代生物科學(xué)研究對(duì)大規(guī)??茖W(xué)計(jì)算有很深的依賴性,平臺(tái)性能對(duì)于科研進(jìn)度及質(zhì)量影響很大。而醫(yī)學(xué)信息檢測(cè)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室正在使用的服務(wù)器是多年前部署的老機(jī)型,已經(jīng)不能適應(yīng)現(xiàn)代生物信息研究對(duì)龐雜數(shù)據(jù)處理能力的需要,尤其是運(yùn)算性能、網(wǎng)絡(luò)速度的降低,已經(jīng)成為實(shí)驗(yàn)室提高科研能力的巨大瓶頸。 

  醫(yī)學(xué)信息檢測(cè)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室向來被視為南方醫(yī)科大學(xué)乃至整個(gè)華南地區(qū)重要的生物科學(xué)研究資源,在其發(fā)展過程中得到學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)的高度關(guān)注。在了解到這一情況后,學(xué)校馬上成立專門部門,研究實(shí)驗(yàn)室IT基礎(chǔ)設(shè)施優(yōu)化的解決方案。經(jīng)過近2個(gè)月的嚴(yán)密考察與周詳論證,南方醫(yī)科大學(xué)最終決定采購浪潮天梭TS10000高性能服務(wù)器,解決該實(shí)驗(yàn)室IT系統(tǒng)優(yōu)化問題。 

  這是廣東省首次采用四核計(jì)算處理平臺(tái)構(gòu)建的TS10000高性能科學(xué)計(jì)算系統(tǒng)并得到成功應(yīng)用。 

  此后,浪潮與南方醫(yī)科大信息檢測(cè)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室通力配合,準(zhǔn)確分析并把握了實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用現(xiàn)狀和需求特點(diǎn),專門設(shè)計(jì)了高性能、低成本的服務(wù)器平臺(tái)浪潮天梭TS10000。它通過高性能服務(wù)器集群的并行算法,對(duì)獲取的生物信息進(jìn)行分配、分析、存儲(chǔ)、解釋,以滿足基因比對(duì)排列運(yùn)算、基因語言與調(diào)控、功能基因組學(xué)等自行開發(fā)的應(yīng)用需要。 

  浪潮服務(wù)器的負(fù)責(zé)人介紹,浪潮天梭TS10000在醫(yī)學(xué)信息檢測(cè)技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的部署,兼有計(jì)算密集型和通訊密集型的特點(diǎn)。浪潮提供的基于Intel四核處理節(jié)點(diǎn)平臺(tái)的天梭TS10000集群系統(tǒng),采用5+1的計(jì)算/管理配備方案,處理核心總數(shù)達(dá)到了40個(gè),通過千兆以太網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行各節(jié)點(diǎn)間的并行通訊和高速交換運(yùn)算,充分滿足客戶對(duì)高性能計(jì)算系統(tǒng)的需要。在具體實(shí)施中,天梭TS10000高性能集群系統(tǒng)性能卓越、穩(wěn)定的運(yùn)行各類軟件,并行效率與加速比分別高達(dá)80%和1.7,對(duì)實(shí)驗(yàn)室工作效率的提升大大超出了用戶的預(yù)期。

 

       “浪潮天梭TS10000高性能服務(wù)器的部署,有效地解決了原有IT資源不能充分滿足實(shí)驗(yàn)室對(duì)高性能計(jì)算要求的矛盾;同時(shí)有利于用戶后期的系統(tǒng)擴(kuò)展升級(jí),保護(hù)用戶投資?!?nbsp;

  該負(fù)責(zé)人對(duì)科研環(huán)境的改變非常滿意:“這就是信息化建設(shè)的力量,08年我們的科研任務(wù)非常繁重,但是從現(xiàn)在的效率看,我們有信心圓滿完成。” 

  作為中國(guó)服務(wù)器第一品牌,浪潮一直密切關(guān)注我國(guó)生物科學(xué)研究,研發(fā)可無縫貼合客戶應(yīng)用的高性能服務(wù)器。早在2003年,浪潮就為華中科技大學(xué)構(gòu)建了大型生物信息數(shù)據(jù)中心,這是亞太地區(qū)第一套基于Infiniband技術(shù)的科學(xué)計(jì)算平臺(tái);06年底,中國(guó)四核第一單——19個(gè)節(jié)點(diǎn)的浪潮天梭成為中科大生命科學(xué)院的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析平臺(tái)。此次南方醫(yī)科大學(xué)基于四核平臺(tái)的天梭系統(tǒng)建成,不僅顯露出浪潮在高性能計(jì)算領(lǐng)域雄厚的技術(shù)研發(fā)實(shí)力,也進(jìn)一步鞏固了浪潮研發(fā)適合生物信息科研領(lǐng)域的高性能服務(wù)器的優(yōu)勢(shì)地位。 

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